• Giải Nobel Hóa học năm 1946
• Huy chương Rosenburger
• Giải Alder
• Giải Scott
• Giải Willard Gibbs năm 1947
• Giải thành tựu khoa học của Hiệp hội Hóa học Hoa Kỳ (AMA Scientific Achievement Award).
• Phòng Stanley ở Đại học California tại Berkeley (nay là Stanley Biosciences and Bioengineering Facility) và Phòng Stanley ở Earlham College được đặt theo tên ông.
• Ông cũng được trao nhiều bằng tiến sĩ danh dự của các Đại học Harvard, Đại học Yale, Đại học Princeton và Đại học Paris.

Đời tư

Stanley kết hôn với Marian Staples năm 1929. Họ có ba con gái (Marjorie, Dorothy và Janet) cùng một con trai, Wendell M. Junior.